本底補償是在線硅酸根分析儀所*的一項功能。在儀表維護中可以將此項功能設為開或關。設置本底補償功能的原因是：我們校準儀表所用的標準液是以零硅水為基礎的，而在現實當中，根本就沒有零硅水的存在，無論我們怎么努力，硅離子還是存在于水中，所以我們所做的標準除了添加的含量外還有水中原本就有的硅含量，即實際的硅離子濃度總比理論的硅離子濃度高，并且由于水中所含硅離子的濃度是一個未知量，所以并不能肯定高出多少，那么在測量時也就不能測得真實的硅含量。